Intro -- Table des mati�eres -- Pr�eface -- Introduction -- Des principes fondateurs -- Des attentes soci�etales nationales et internationales -- Des recherches fond�ees sur de nouveaux paradigmes et de nouvelles approches -- R�ef�erences bibliographiques -- 1. Int�egrer l'agro�ecologie dans des syst�emes agri-alimentaires -- Les produits issus de l'agro�ecologie et leurs propri�et�es -- Les strat�egies des acteurs -- L'organisation spatiale des march�es -- La dynamique et la coh�erence du syst�eme agri-alimentaire -- Les questions de recherche -- R�ef�erences bibliographiques -- 2. La transition agro�ecologique de l'exploitation agricole -- Des avanc�ees scientifiques r�ecentes -- Quelques exemples -- Les questions de recherche -- Le d�eveloppement d'une n�ecessaire transdisciplinarit�e -- R�ef�erences bibliographiques -- 3. Valoriser les processus �ecologiques et hydrobiog�eochimiques dans des paysages multifonctionnels -- Des avanc�ees scientifiques r�ecentes -- Quelques exemples -- Les questions de recherche -- R�ef�erences bibliographiques -- 4. Valoriser la diversit�e g�en�etique en s�election v�eg�etale et animale -- Des avanc�ees scientifiques r�ecentes -- Quelques exemples -- Les questions de recherche -- R�ef�erences bibliographiques -- 5. Mod�eliser les interactions du vivant, en lien avec les milieux et le contexte socio-�economique -- Des avanc�ees scientifiques r�ecentes -- Quelques exemples -- Les questions de recherche -- R�ef�erences bibliographiques -- 6. Contribution des agro�equipements et du num�erique �a l'agro�ecologie : renforcer la prise en consid�eration du vivant -- Des avanc�ees scientifiques r�ecentes -- Quelques exemples -- Les questions de recherche -- R�ef�erences bibliographiques -- Conclusions -- Diversit�e et diversification : observer, traduire, piloter -- De la collecte de donn�ees biologiques en masse �a des dispositifs d'une nature nouvelle. Appr�ehender le risque et l'incertitude : mod�elisation et partage d'exp�eriences -- Le n�ecessaire changement d'�echelle et de niveau d'organisation -- Perspectives -- Contributeurs.