Intro -- Sommaire -- Partie 1 - Un d�epartement Environnement et Agronomie �a l'Inra : une strat�egie de recherche -- L'environnement et l'agronomie �a l'Inra : essai d'analyse historique d'une mise en convergence -- L'impossible greffe de la probl�ematique environnementale dans la matrice productiviste des d�ecennies modernisatrices -- La discipline agronomique face �a la probl�ematique environnementale : de la traduction �a la conversion (1973-1989) -- La rupture de l'agronomie avec la finalit�e productiviste (1990-1995) -- Adapter l'organisation de la recherche agronomique au d�eveloppement durable (1996-1999) -- Conclusion -- Ambitions, programmation strat�egique et productions scientifiques -- Analyse des orientations exprim�ees dans les quatre sch�emas strat�egiques du d�epartement -- �Evolution du dispositif scientifique et des comp�etences -- �Evolution de la production scientifique -- Conclusion -- Un positionnement international original pour l'agronomie -- Une approche fran�caise de l'agronomie -- L'�ecophysiologie, une contribution fran�caise forte et reconnue -- Le vertueux couplage de l'agronomie et de l'environnement : une ambition internationale -- Environnement et agriculture : un terrain pour l'expertise scientifique -- L'expertise scientifique au service du savoir commun et de la d�ecision collective -- L'engagement du d�epartement dans les expertises collectives de l'Inra -- Les expertises nourrissent la recherche -- Partie 2 - Les recherches sur les agro�ecosyst�emes : les nouv eaux enjeux du xxie si�ecle -- La prise en charge de l'enjeu climatique dans les recherches du d�epartement -- �Emissions de gaz �a effet de serre et att�enuation -- Impacts du changement climatique -- Adaptation au changement climatique -- Conclusion -- Agriculture et qualit�e de l'air : recherche et appui aux politiques publiques.

Une pollution d'origine agricole embl�ematique : les �emissions d'ammoniac -- La complexit�e de la pollution atmosph�erique vue du c�ot�e de l'agriculture -- La biodiversit�e : menaces et ressources -- Agronomie et biodiversit�e : l'�emergence des grandes orientations -- Agronomie et fonctions �ecologiques de la biodiversit�e : les mains dans le moteur -- Des fonctions �ecologiques aux services �ecosyst�emiques : les bases de l'avenir -- Partie 3 - Des instruments pour l'�etude des agro�ecosystemes -- Les infrastructures d'observation et d'exp�erimentation : vers une dynamique europ�eenne -- Des travaux en agronomie historiquement bas�es sur des exp�erimentations de longue dur�ee -- L'�emergence de nouvelles infrastructures de recherche -- Les infrastructures d'observation et d'exp�erimentation du d�epartement Environnement et Agronomie -- L'ouverture et la diffusion des donn�ees -- Conclusion -- Mod�elisation du fonctionnement des agro�ecosyst�emes : l'�epop�ee Stics -- Gen�ese et positionnement du mod�ele, au carrefour des trois anciens d�epartements, dans une vis�ee agroenvironnementale -- La gouvernance du mod�ele Stics : un mod�ele collectif innovant -- Des usages au service de l'am�elioration des syst�emes de culture -- Au service de questions globales, par modularisation et couplage -- Le changement du climat, un cas d'�etude embl�ematique -- Les d�efis d'aujourd'hui : vers un mod�ele pour l'agro�ecologie ? -- L'�evaluation multicrit�ere des syst�emes agricoles : une r�evolution des m�ethodes -- Une conception pragmatique de l'�evaluation : les travaux pionniers et critiqu�es de l'Inra de Colmar -- Une phase de maturation scientifique et de reconnaissance institutionnelle de l'�evaluation multicrit�ere -- Une phase d'extension des m�ethodes d'�evaluation multicrit�ere -- Conclusion -- Partie 4 - Conna�itre et �evaluer les ressources -- Un renouveau pour l'�etude des sols.

Du sol �a l'�ecosyst�eme, la fusion des d�epartements Science du sol, Bioclimatologie et Agronomie -- Des menaces aux services : une vision renouvel�ee de la place des sols dans les �ecosyst�emes -- Le leadership mondial en science du sol : de la recherche �a la politique -- Conclusion -- Des recherches pour une gestion int�egr�ee de la ressource en eau dans les territoires agricoles -- Les orientations strat�egiques -- La gestion quantitative de l'eau -- La gestion qualitative de l'eau dans les contextes de pollution forte des eaux -- Conclusion -- Bouclage des cycles : des approches renouvel�ees et plus englobantes des cycles biog�eochimiques -- La gestion de la fertilisation et l'analyse des cycles �a l'�echelle de la parcelle -- Vers des approches plus englobantes des cycles des �el�ements pour conjuguer agronomie et environnement -- Gestion durable des flux d'�el�ements dans les agro�ecosyst�emes -- Conclusion -- La rhizosph�ere : des interactions racine-sol-micro-organismes aux leviers de l'agro�ecologie -- Concept de rhizosph�ere et enjeux de connaissance -- La rhizosph�ere dans le monde aujourd'hui et demain : vers de nouveaux enjeux -- La rhizosph�ere au c�ur des d�efis de la transition agro�ecologique -- Partie 5 - Concevoir des syst�emes agricoles -- La conception des id�eotypes -- Liens g�enotype-ph�enotype : un tournant pour l'�ecophysiologie dans les ann�ees 1990 -- Qu'est-ce qu'un id�eotype et �a quoi sert-il ? -- Des mod�eles �a base de processus pour la recherche d'id�eotypes -- Apparition de m�ethodes et de d�emarches adapt�ees pour la recherche d'id�eotypes -- Le r�eseau Qualit�e des produits r�ecolt�es, un acteur des recherches sur les id�eotypes -- Conclusion -- Pistes pour le futur… vers un changement de paradigme ? -- Protection int�egr�ee des cultures : d'une combinaison de techniques �a une valorisation de la biodiversit�e.

Mise en perspective de la contribution des agronomes du d�epartement �a la protection int�egr�ee des cultures -- 1998 : la nouvelle donne -- 1999-2003 : la mobilisation -- 2004-2006 : la consolidation -- 1999-2006 : les r�esultats de la dynamique scientifique -- �A partir de 2007 : des d�eveloppements encourag�es par les politiques publiques -- �A partir de 2007 : les agronomes du d�epartement �elargissent leur champ d'activit�es -- Aujourd'hui et demain : une protection int�egr�ee des cultures encore plus biodiversifi�ee -- Vers une gestion territoriale du recyclage des mati�eres organiques r�esiduaires -- Un d�eveloppement et une structuration des recherches �a l'Inra pour r�epondre �a des enjeux soci�etaux -- �Evaluation des fili�eres du traitement jusqu'�a la valorisation au champ -- Quels impacts environnementaux au champ associ�es �a la pr�esence de contaminants dans les produits r�esiduaires organiques ? -- Int�egration des effets et gestion territoriale -- Conclusions et perspectives -- La conception de syst�emes agro�ecologiques -- La maturit�e du concept de syst�eme de culture -- L'�elargissement de l'horizon spatial : de la parcelle au paysage et au territoire -- Les connaissances mobilis�ees dans la conception : du r�egne des mod�eles �a l'irruption des savoirs profanes -- De la conception bas�ee sur un diagnostic agronomique �a la mobilisation des m�ethodes multicrit�eres -- De la conception par les agronomes �a la conception par les agriculteurs -- Le d�eveloppement des exp�erimentations-syst�eme -- L'�elargissement du foss�e entre la conception et l'analyse des processus -- Conclusion -- Conclusion - Environnement et agronomie au xxie si�ecle, et maintenant ? -- Environnement, changements globaux et changements d'�echelles : les d�efis du climat et de la gestion sobre des ressources -- Agriculture et biodiversit�e, changement de paradigme : le temps de l'agro�ecologie.

Alimentation et sant�e, le concept One Health : un monde en transition(s) -- Et maintenant ? -- Postface -- Annexe 1. Unit�es du d�epartement Environnement et Agronomie en 1998 et en 2018 -- Annexe 2. D�epartements de l'Inra en 2018 -- Liste des sigles -- Liste des auteurs.

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