Intro -- Table des mati�eres -- L'agro�ecologie : des recherches pour la transition des fili�eres et des territoires -- Pr�eface -- Introduction -- 1 - Int�egrer l'agro�ecologie dans des syst�emes agri-alimentaires -- 2 - La transition agro�ecologique de l'exploitation agricole -- 3 - Valoriser les processus �ecologiques et hydrobiog�eochimiques dans des paysages multifonctionnels -- 4 - Valoriser la diversit�e g�en�etique en s�election v�eg�etale et animale -- 5 - Mod�eliser les interactions du vivant, en lien avec les milieux et le contexte socio-�economique -- 6 - Contribution des agro�equipements et du num�erique �a l'agro�ecologie : renforcer la prise en consid�eration du vivant -- Conclusions -- Contributeurs.